Высокоточный анализ на выявление врожденных (герминальных) мутаций ДНК в 21 гене, патологические изменения которого свидетельствуют о повышенном риске развития рака поджелудочной железы и желудка

Исследование дает возможность выявить присутствие врожденных (герминальных) мутаций ДНК в 21 гене, патологические изменения которого свидетельствуют о повышенном риске развития рака поджелудочной железы и желудка. Онкологические заболевания этих органов имеют наследственный характер в 5-10% случаев. Самой известной и часто встречаемой врожденной формой является диффузный (узловой) рак желудка, который нередко передается по наследству и вызван мутирующими изменениями в гене CDH1. На гистологии эта форма показана клетками эпителия, по форме напоминающими перстни (отсюда его название – перстневидноклеточный рак), или низкодифференцированной аденокарциномой, развивающейся из железистых клеток и склонная к раннему метастазированию.

Носитель мутирующего гена CDH1 в течение всей жизни имеет высокий риск заболеть раком желудка, вероятность составляет до 80%. Для таких пациентов рассматривается вероятность гастроэктомии (полное или частичное удаление желудка) в целях профилактики заболевания.

Мутации в генах BRCA1 и BRCA2 также могут свидетельствовать о раке желудка и поджелудочной железы. В наследственном же анамнезе у таких пациентов присутствуют злокачественные опухоли молочной железы или яичников.

Кровь берется не натощак, накануне исследования не употреблять тяжелую, жирную пищу.

Варианты, которые могут быть вероятной причиной заболевания, приоритизированы по проприетарному алгоритму с учетом рекомендаций ACMG, наличию в базах данных, популяционных частот и других критериев.

На основании проведенной приоритизации и фенотипа пациента, описанного в представленных документах, варианты сгруппированы по степени вероятности их патогенности для пациента. В группах варианты расположены в порядке снижения приоритетности. Варианты, не имеющие признаков патогенности, либо имеющие некоторые признаки патогенности, но не соответствующие фенотипу, описанному в сопроводительных документах, могут быть не включены в заключение.

Подробно с описанием исследования можно ознакомиться в приложении к заключению.

ВНИМАНИЕ! Варианты, обнаруженные в результате исследования, не являются установленным диагнозом, а могут быть использованы в совокупности с данными других лабораторных и инструментальных методов только врачом-генетиком. Для уточнения значимости обнаруженных вариантов, в том числе с учетом клинической картины пациента, необходима консультация врача-генетика. Также в заключении перечислен список исследуемых генов.

К группе риска наследственного рака желудка и поджелудочной железы относятся следующие пациенты:

с поставленным диагнозом у трех и более человек по одной семейной линии вне зависимости от возраста;
при наличии близких родственников с подтвержденным онкологическим заболеванием желудка или поджелудочной железы, которое было выявлено до 50 лет;
если в опухоли при гистологии выявлены клетки с присутствуют опухоли с повышенной склонностью к мутациям (микросателлитная нестабильность тканей);
если диагностирован рак поджелудочной железы или желудка у пациента в относительно раннем возрасте (до 40 лет);
с диагностированным диффузным раком желудка;
при установленном раке молочной железы вне зависимости от возраста.

Не всегда есть возможность проследить семейный анамнез, часто пациент не может назвать заболевания своих близких родственников. Исследование на предрасположенность к раку желудка и поджелудочной железы методом генетического анализа в этом случае поможет установить риск наследственной передачи заболевания.

Анализ ДНК проводится по технологии секвенирования нового поколения методом парно-концевого чтения. Для пробоподготовки используется методика селективного захвата участков ДНК, относящихся к кодирующим областям генов с известным клиническим значением (клинический экзом) или генов, ассоциированных с группой заболеваний (панели генов) и описанных в курируемой базе данных ОMIM или специализированных курируемых базах.

Тестирование на наследственные мутации полезно в следующих ситуациях:

1. Семейная история рака:

- Наличие нескольких близких родственников, страдающих одним и тем же типом рака (например, рак молочной железы или яичников)

- Рак, диагностированный у нескольких поколений в одной семье

- Рак, диагностированный у родственников в молодом возрасте (например, до 50 лет).

2. Множественные виды рака у одного человека:

- Пациент, у которого диагностированы несколько различных типов рака (например, рак молочной железы и рак яичников).

3. Рак в молодом возрасте:

- Диагностика рака в возрасте моложе, чем это обычно ожидается для данного типа рака (например, рак молочной железы в возрасте до 40 лет).

Ограничения метода:

Среднее покрытие целевых участков секвенирования в исследуемых генах составляет не менее 70х. Это означает, что каждый исследуемый участок генома в среднем анализируется не менее 70 раз во избежание влияния технических ошибок чтения на результаты исследования. Такое покрытие позволяет осуществлять детекцию вариантов в среднем не менее чем в 98% целевых участков, входящих в исследование. Для сложных участков генома (например, GC-богатых участков) среднее покрытие может быть ниже. Участки генома с покрытием, не соответствующим критериям достоверности вследствие технических ограничений сиквенса, в дальнейший анализ не включаются.

Метод позволяет выявить наследуемые или вновь возникшие (de novo) варианты нуклеотидной последовательности (однонуклеотидные замены, небольшие инсерции и делеции – до 10 п.о.), которые могут являться причиной генетического заболевания.

Технические ограничения метода не позволяют выявлять инсерции и делеции длиной более 10 п.о., мутации в интронных областях (за исключением канонических сайтов сплайсинга), вариации длины повторов (в том числе экспансии триплетов), а также мутации в генах, у которых в геноме существует близкий по последовательности паралог (псевдоген). Метод не предназначен для определения фазы пар гетерозиготных мутаций, а также для оценки уровня метилирования или выявления мутаций в состоянии мозаицизма.

В некоторых случаях биоинформатический анализ данных позволяет заподозрить наличие структурных перестроек (микроделеций и микродупликаций). Однако этот подход не является рекомендованным методом анализа вариаций числа копий генов, и обнаруженные перестройки подлежат обязательному подтверждению референсным методом (хромосомный микроматричный анализ). Мелкие структурные нарушения, однородительские дисомии и мозаичные варианты числа копий генов методом секвенирования не выявляются; для этого должен быть использован валидированный метод хромосомного микроматричного анализа. Невыявление структурных вариантов при секвенировании не исключает их наличия у пациента.

Для проведения теста требуется 2-4 мл венозной крови в вакуумной пробирке с ЭДТА (фиолетовая крышка).

Клиент самостоятельно осуществляет забор биоматериала, используя набор расходных материалов, предоставленных нашей лабораторией, либо обращается в медицинскую организацию. Внимание! Вы самостоятельно обеспечиваете соблюдение инструкции по забору биоматериала. Срок сохранности биообразцов с момента забора 72 часа!

В случае обращения клиента к нашему партнеру он несет ответственность за действия или бездействие медицинской организации. Наши партнеры обеспечены необходимыми расходными материалами.

Также обратите внимание: если в лабораторию биоматериал поступил ненадлежащего качества (например, с нарушением условий хранения или транспортировки), это может увеличить срок выполнения анализа или сделать его проведение невозможным.

Мы НЕ храним биоматериал после оказания услуги.

В течение 1 рабочего дня после оформления услуги мы отправляем Вам набор расходных материалов: 1 пробирка с ЭДТА c фиолетовой крышкой, 1 гелевый хладоэлемент, один непроницаемый защитный пакет, один защитный конверт, одна коробка для транспортировки, документы (Инструкция по забору крови, Форма заказа и Согласие на обработку персональных данных).

За 1 рабочий день до планируемой даты забора биоматериала Вы сообщаете нам удобные дату, время и адрес (через мессенджер или иным согласованным способом). Мы подтверждаем детали и направляем курьера, которому необходимо передать готовый к транспортировке набор.

Если по каким-либо причинам Вы не смогли передать набор курьеру в указанные сроки, Вы можете отправить его самостоятельно на адрес лаборатории или связаться с персональным менеджером для выбора новой даты забора.

Если передачу биоматериала оформляет ваш представитель, он должен предъявить документы, подтверждающие полномочия.

Все расходные материалы, предоставленные в наборе, являются оборотной тарой и подлежат возврату — либо вместе с биоматериалом, либо при прекращении действия услуги.

Инструкция по забору и транспортировке крови